旨在構建全球現(xiàn)生約10500種鳥類基因組圖譜的“萬種鳥類基因組計劃”取得新進展。研究團隊已成功發(fā)表363種鳥類基因組數(shù)據(jù)，同時通過這一數(shù)據(jù)建立全新的無參考序列下多基因組比對和分析的新方法，并基于這一新方法闡明高密度物種取樣對生物多樣性研究的重要性。

這是記者12日從中國科學院昆明動物研究所獲悉的消息。當日，該所研究員張國捷及其團隊聯(lián)合深圳華大生命科學研究院、丹麥哥本哈根大學等多家機構，在國際頂級期刊《Nature》上以封面形式同期發(fā)表兩篇文章，報道“萬種鳥類基因組計劃”第二階段科級別的最新研究成果。

據(jù)介紹，科研團隊從現(xiàn)存鳥類的各個科級別中選取代表性鳥類物種，共計獲得363種鳥類的全基因組數(shù)據(jù)，覆蓋92%的科級別。其中267個物種的基因組數(shù)據(jù)為首次發(fā)布。項目所使用的樣品主要來源于全球多個博物館所保存的鳥類組織樣品，包括一些稀有和瀕危鳥類物種。

區(qū)別于傳統(tǒng)的比較基因組學分析依賴于某個基因組作為參考序列建立全基因組比對，研究團隊建立全新的無參考序列下多基因組比對和分析方法。該方法極大地提高跨物種的比對效率，減少由于與參考物種遺傳距離差異引起的比對偏好和序列丟失。例如，363只鳥類基因組構建的全基因組比對序列總長為981Mb，比之前以雞和斑胸草雀為參考基因組構建的48只鳥類全基因組比對序列在長度上提升149%。

無參的全基因組比對數(shù)據(jù)集，為全面解析鳥類遺傳多樣性特征的演化歷程和分子遺傳機制提供全新的切入點。研究團隊借助這一算法的優(yōu)勢，建立更加完善的同源基因集合，還開發(fā)一套鑒定任意演化分支特異獲得和丟失序列的方法，從而完整描繪出鳥類物種譜系基因組動態(tài)演化圖譜。

研究發(fā)現(xiàn)，這些動態(tài)變化的基因組區(qū)域往往存在一些分支特異基因或調(diào)控元件，可能與物種特異性狀的起源和演化有關。(記者 胡遠航)

關鍵詞： 363種鳥類基因組數(shù)據(jù)